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Séquençage génétique : le nouveau champ de bataille sino-américain

"En Chine, les données médicales et génétiques sont considérées comme appartenant de facto à l’État. Les acteurs locaux ont donc potentiellement accès à une base de données très large avec peu de contraintes légales." (Source : NYT)
"En Chine, les données médicales et génétiques sont considérées comme appartenant de facto à l’État. Les acteurs locaux ont donc potentiellement accès à une base de données très large avec peu de contraintes légales." (Source : NYT)
Développé à partir des années 1970, le séquençage génétique est aujourd’hui sous les projecteurs médiatiques avec la crise du Covid-19. Derrière ces technologies de pointe se cache un marché mondial largement dominé par les États-Unis, mais où la Chine entend bien prendre sa place.
En 2003, après plus de dix ans de recherche, la communauté scientifique internationale est en pleine effervescence. Pour la première fois dans l’histoire, l’ensemble du génome humain a été totalement décrypté, autrement dit séquencé, moyennant un effort international inédit et près de 3 milliards d’euros de budget. À l’époque, les applications semblent nombreuses que ce soit en recherche fondamentale, en médecine préventive et reproductive ou encore en thérapie génique.
Pourtant, il faudra attendre pratiquement deux décennies avant que cette notion de séquençage génétique ne devienne familière pour nous tous. C’est évidemment la crise actuelle du Covid-19 qui l’a mis en lumière avec l’apparition de variants du virus. Des variants dont il faut analyser le génome pour à la fois les distinguer et évaluer leur dangerosité.
Il existe plusieurs méthodes de séquençage génétique et les plus poussées nécessitent l’utilisation d’un matériel spécifique, notamment un séquenceur d’ADN. Un équipement de haute technologie dont la production est largement dominée par les Américains qui affichent 5 entreprises dans le top 10 des plus grands fabricants d’appareils de nouvelle génération. Avec en particulier Illumina, le leader du marché mondial et son chiffre d’affaire deux fois plus élevé que tous ses concurrents réunis. Mais dans ce classement mondial, la Chine se distingue puisque l’entreprise locale BGI figure à la troisième place.
L’Europe n’est pas complètement hors jeu, avec en particulier les Britanniques et les Allemands qui réussissent à se placer parmi les leaders internationaux. Cependant, la position de la challenger de la Chine est clairement établie et mérite que l’on y regarde d’un peu plus près.

BGI, l’émergence d’un géant chinois

Dans sa course à l’innovation, la Chine cherche depuis longtemps à se placer en priorité sur des domaines d’avant-garde où elle n’est pas en position de rattrapage par rapport à l’Occident. Des domaines où l’empire du milieu peut également compter sur son élite scientifique formée à l’international. 5G, IA, le pays est déjà en avance dans certains secteurs, ce qui inquiète et pousse à réagir, surtout aux États-unis – en témoigne l’affaire Huawei.
Pour ce qui est de la génomique, Xi Jinping en a fait une priorité de son 13ème plan quinquennal de 2016 à 2020, mais la Chine s’y intéresse depuis bien plus longtemps. Le pays débute des recherches fondamentales sur le sujet dès 1994 et intègre le projet international de séquençage du génome humain en 1999 avec comme objectif d’en décrypter 1 %. C’est le Beijing Genomics Institute (BGI) qui va se charger des travaux et bénéficier alors d’un soutien financier étatique important. Entre 2002 et 2005, le gouvernement investit près de 200 millions de dollars dans de multiples centres de recherche sur la génomique. Néanmoins, à la fin du projet international, les fonds étatiques se tarissent et BGI s’installe à Hangzhou avec un soutien financier de la municipalité. L’entreprise y décodera le génome du riz en 2002, faisant la une de Science, puis le génome du SRAS en 2003 développant aussi un kit de détection. Sur la période, seul BGI aura réussi en Chine le passage de pur centre de recherche à une société semi-privée orientée vers le marché.
En 2007, BGI déménage une nouvelle fois et s’installe à Shenzhen à proximité de Hong Kong et de son rayonnement international. Pour l’entreprise, il est temps de se placer dans la course mondiale aux technologies d’analyses génomiques. Elle va d’abord se lancer sur une offre de services de séquençage en se dotant massivement d’équipements occidentaux et en particuliers des séquenceurs d’Illumina. L’objectif pour BGI est de pouvoir proposer du séquençage à très grande échelle et de l’expertise dans l’analyse des données brutes. En 2010, la firme chinoise s’internationalise avec la création de BGI Americas installé dans le Massachussetts et BGI Europe au Danemark.
Le groupe lance ses premiers services commerciaux en 2012 et surtout réussi à racheter la start-up américaine Complete Genomics en 2013 pour 118 millions de dollars. C’est un tournant puisque l’entreprise va alors pouvoir développer entièrement ses propres plateformes de séquençage grâce aux technologies et brevets de son acquisition. À noter qu’Illumina avait tenté d’empêcher le rachat en évoquant un danger pour la sécurité nationale des États-Unis. Une requête rejetée à l’époque par les autorités américaines mais qui aurait eu toutes les chances de passer dans le contexte actuel de guerre économique.
Aujourd’hui, BGI a ouvert une filiale Asie-Pacifique avec des implantations au Japon, en Thaïlande jusqu’en Australie en passant par Singapour. Le groupe possède aussi des bureaux et des laboratoires en Californie ou encore à Londres et continue son extension à l’international.
Si Illumina est toujours le leader incontesté pour la vente d’équipements, le modèle de BGI est plus orienté vers les services. Une offre plus globale qui lui permet de se positionner en challenger et de tirer les prix vers le bas comme avec son annonce récente d’un séquençage humain complet à tout juste 100 dollars.

Course à la donnée génétique

Tous les acteurs du séquençage génomique bénéficient aujourd’hui de l’effet « Covid » : des ventes qui grimpent, que ce soit pour du dépistage ou pour traquer les variants. Mais plus globalement, quel est le modèle économique du secteur ?
« Au départ, les entreprises du marché ont misé sur les tests génétiques pour déceler des maladies comme moteur pour se développer, explique Benjamin Belot, directeur associé de Kurma Partners, un fond d’investissement européen centré sur les Sciences de la vie et spécialiste de la santé numérique. On sait aujourd’hui que certaines mutations génétiques rendent des personnes particulièrement exposées à des cancers par exemple. On a aussi des applications du séquençage pour des diagnostiques prénataux. Ce sont des outils importants pour la médecine désormais et qui sont de plus en plus employés mais qui ne sont cependant pas « grand public ». Si on regarde ce marché spécifique, c’est finalement les applications autour de la généalogie qui ont bien fonctionné, en particulier aux États-Unis. »
C’est ainsi que 23andme, lancé en 2006 puis financé en partie par Google en 2007, est devenu un acteur majeur du séquençage. Le produit phare de l’entreprise est le test « Ancestry » qui, pour à peine 100 dollars, vous indique vos origines en fonction de votre patrimoine génétique. « Ce qui est intéressant avec 23andme, c’est de voir comment la société a réussi à attirer des clients de manière massive avec ses tests puis à valoriser l’immense base de données génétique qu’elle a accumulée, ce qu’elle appelle aujourd’hui son actif stratégique », ajoute Benjamin Belot. De fait, en 2018, 23andme a tout simplement revendu les données de sa base, 5 millions de personnes à l’époque, au groupe pharmaceutique britannique GSK pour pas moins de 300 millions de dollars !
L’accès à du « Big Data génétique » est indispensable au développement de la génomique. En effet, lors d’un séquençage complet d’un génome humain, les scientifiques ne sont aujourd’hui capables d’en comprendre que 20 % environ. Pour le reste, il faut pouvoir faire des recoupements sur un très grands nombres de données et tenter, par exemple, de repérer des biomarqueurs spécifiques. Qu’est-ce qui explique qu’un gène s’exprime ou pas ? Quel est l’impact de l’environnement extérieur ? Quels risques pour tel ou tel sous-groupe d’une population ?
Pour affiner les réponses, plus que des avancées théoriques, il faut surtout avoir accès à un maximum de données génétiques. « La Chine est un cas particulier à ce niveau, note Benjamin Belot. Les données médicales et génétiques y sont considérées comme appartenant de facto à l’État. Les acteurs locaux ont donc potentiellement accès à une base de données très large avec peu de contraintes légales. » BGI est d’ailleurs responsable de la Banque nationale des gènes de Chine (CNGB), un projet financé publiquement à hauteur d’1 milliards de dollars US.
Les liens entre l’État chinois, BGI et les données génétiques sont actuellement au cœur d’un débat féroce outre-atlantique. L’entreprise chinoise y est accusée de vouloir infiltrer les laboratoires et hôpitaux locaux via mécénats et autres partenariats en vu de récupérer justement des bases de données. « L’envergure mondiale du géant chinois de la génomique BGI pose des menaces similaires dans le secteur des biotechnologies à celles de Huawei dans le secteur des communications. » Le rapport de la Commission de sécurité nationale américaine sur l’intelligence artificielle, remis récemment à Joe Biden, ne fait pas dans la dentelle.
Craintes justifiées, stratégies commerciales offensives ? Quoi qu’il en soit, il apparaît que les données génétiques sont devenues un enjeu de taille à l’échelle mondiale. En France et en Europe plus généralement, les questions éthiques liées à la génomique prévalent et le séquençage est encore peu développé. Même avec la crise du Covid-19, l’UE séquence nettement moins que le monde anglo-saxon pour le suivi des variants. Et imaginer que des données médicales privées puissent devenir des enjeux commerciaux y relève encore quasiment de la science-fiction. Pourtant, fin juin 2020, la présidente de Commission européenne Ursula von der Leyen elle-même demandait à Pékin de faire cesser des cyberattaques visant à récupérer des données hospitalières de l’UE. De leur côté, les renseignements américains ont déjà annoncé leur intention de pouvoir accéder à toutes données, y compris médicales, hébergées dans le cloud par des entreprises leader comme Microsoft ou Amazon…
Indéniablement, la course planétaire aux séquençages et aux données génétiques a déjà commencé avec deux pôles qui émergent rapidement autour de la Chine et des États-Unis. Une bonne nouvelle néanmoins : nous savons tous désormais que, d’une certaine manière, nos gènes valent de l’or !
Par Nicolas Sridi

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A propos de l'auteur
Nicolas Sridi
Co-fondateur de Asia Focus Production, journaliste accrédité à Pékin pour Sciences et Avenir depuis 2007, Nicolas a collaboré avec de nombreux média presse écrite et web français, notamment le groupe Test (01Net), lemonde.fr,… Il est également co-rédacteur en chef de l’ouvrage collectif « Le temps de la Chine » aux éditions Félix Torres (2013) en partenariat avec la CCIFC. Nicolas est par ailleurs cameraman et preneur de son et collabore à divers postes avec de nombreuses chaines comme Arte, ARD, France2, RCN,… ainsi que sur des productions corporate et institutionnelles.